《寶可夢 綠寶石》（日語：ポケットモンスター エメラルド，英語：Pokémon Emerald）封面繪有烈空坐，是寶可夢系列在日本的第十二款遊戲，在歐洲與北美則是第十一款。《寶可夢 綠寶石》是《寶可夢 紅寶石／藍寶石》的更新版，於2004年9月16日在日本、2005年5月1日在北美、6月9日在澳洲、10月21日在歐洲發行。
在《寶可夢 紅寶石／藍寶石》的基礎上，本作增加了一些新要素，劇情也有些微修改：岩漿團與海洋團都是反派集團且爭鬥不休，並分別喚醒了固拉多與蓋歐卡，兩隻神獸開始了猛烈的戰鬥，在芳緣地區造成劇烈的天氣異常現象，玩家必須喚醒第三隻神獸──即封面的寶可夢烈空座來平息固拉多與蓋歐卡的紛爭。系統功能也有些更改，雖然在《寶可夢 紅寶石／藍寶石》就已引入了雙打對戰，但在綠寶石中，地圖上兩名看似分開的非玩家角色也可能在玩家走到某個地點時同時被觸發而開始雙打戰鬥，而打完四大天王後，玩家還可透過道具「寶可夢領航員」呼叫各道館的館主，以雙打戰鬥的模式和他們再次對戰。戰鬥中的寶可夢圖像改為像水晶版一樣的動畫模式。最大的更新應是增加了「戰鬥開拓區」，是戰鬥塔的擴大版，玩家在擊敗四大天王後，可前往該區體驗有著不同戰鬥模式的各個設施。
劇情上另一項更改是增加了煙囪山頂的岩漿團基地，該地也是綠寶石版中玩家首次發現固拉多的位置。《寶可夢 綠寶石》新增了一位名叫亞希達（エニシダ）的非玩家角色，他是「戰鬥開拓區」的開發者，在遊戲中會注意著主角的成長，並持續與主角接觸，在主角擊敗四大天王後邀請主角前往該區。
《寶可夢 綠寶石》發行後獲得了不錯的評價[65][66]，GameSpot在10分中給了7.5分[67]，IGN在10分中給了「令人印象深刻的」8分[64]，評論總匯網站GameRankings則評此作為77%[68]，然而Eurogamer只給了本作10分中的6分，雖然其稱讚本作看起來比紅寶石與藍寶石版好，可玩性與挑戰性均較高，但批評本作較紅寶石／藍寶石的更新連一半都不到，只是「紅寶石／藍寶石的導演剪接版」。《寶可夢 綠寶石》是2005年美國第二暢銷的遊戲。共賣出了632萬份，是GBA史上銷售量第三高的遊戲，僅次於《寶可夢 紅寶石／藍寶石》與《寶可夢 火紅／葉綠》[70]。2005年11月，《任天堂力量》錯誤地報導稱「《寶可夢 綠寶石》的總銷售會超過與海王星一樣大小的綠寶石價值」。
