主角被選為學院每年與其他學校共同舉辦的「夏令營」成員，前往「北上鄉」。北上鄉四周群山環繞，山腳下則是居民的生活區，擁有農田、蘋果園等與帕底亞地區截然不同的寧靜自然風光。每到這個時節，北上鄉的村落都會舉行熱鬧的慶典，擺滿各式各樣的攤位，洋溢著歡樂氛圍。主角將在這趟旅程中結識新的夥伴與寶可夢，並與他們一同揭開北上鄉自古流傳至今的傳說之謎。
主角作為交換學生，前往學院的姊妹校——「藍莓學園」留學。與擁有悠久歷史的學院不同，藍莓學園是近年新設立的學校，特別專注於寶可夢對戰教育。最令人驚訝的是，這所學校的大部分設施竟然座落於海中！在這裡，主角將參與課程、與當地學生交流，並親身體驗獨特的校園生活。
