《寶可夢 水晶》的遊戲機制和《寶可夢 金／銀》類似，並且追加了一些新機能，例如《寶可夢》系列過去的主角都是男性，但《水晶》可以讓玩家選擇主角的性別，新增女性主角，這是第一款可以選擇主角性別的《寶可夢》系列遊戲。遊戲給每個寶可夢在登場時都增加了動畫效果，例如火球鼠在進入戰鬥時，會閃爍其背後的火焰，這項功能並未出現在之後的《寶可夢 紅寶石／藍寶石》和《寶可夢 火紅／葉綠》中，直到《寶可夢 綠寶石》才加了回去。遊戲中新增了與水君以及未知圖騰相關的部分情節，還追加了新設施「對戰塔」，可以讓玩家進行類似《寶可夢競技場》的對戰。日本版的遊戲可以搭載移動適配器GB，讓玩家可以連接GBC和手機，開啟一些特別的功能。
