GO 火箭隊正在入侵世界各地的寶可補給站。
這些被入侵的寶可補給站的外觀與地圖畫面上一般的寶可補給站不同。
請留意變色或顫抖的寶可補給站。
當你接近被入侵的寶可補給站時，你會看到 GO 火箭隊的徽章出現在該寶可補給站的上方。
當你靠近被入侵的寶可補給站時，你可以參加 GO 火箭隊對戰以保衛寶可補給站。
與 GO 火箭隊對戰獲勝的話，則有機會捕捉暗影寶可夢。
GO 火箭隊對戰
一旦你接近被入侵的寶可補給站，一位 GO 火箭隊手下將會出現在地圖上挑戰你的對戰。
你可以選擇點擊 GO 火箭隊手下以與其進行對戰，並保護寶可補給站。
你也可以點擊被入侵的寶可補給站，旋轉照片轉盤，然後開始對戰。
GO 火箭隊對戰的對戰方式與訓練家對戰相似，但對戰完的寶可夢會失血，需要用道具補血。
挑選 3 隻寶可夢以組成對戰小隊，並使用一般招式和特殊招式來擊敗對手的暗影寶可夢。
在贏得 GO 火箭隊對戰後，你將會獲得 XP，並有機會捕捉他們留下的其中一隻暗影寶可夢。
如果你沒有獲勝，你仍然可以獲得 XP，而且可以選擇再次對戰或返回地圖畫面。
捕捉暗影寶可夢
與團體戰類似，你會獲得一些紀念球，可以用來捕捉他們留下的暗影寶可夢。
你可以獲得的紀念球數量將取決於對戰中你存活的寶可夢數量、你的淨化寶可夢的獎牌等級，以及你擊敗的火箭隊的獎牌等級。
每隻暗影寶可夢將會學到的特殊招式為「遷怒」。
淨化暗影寶可夢
在捕捉到暗影寶可夢之後，你可以選擇使用星星沙子和糖果的組合來淨化寶可夢，淨化的寶可夢三個基本數值會各自 +2。
淨化暗影寶可夢將可使其變得更强大，並可以在強化、進化或學習新招式時，減少所需要的星星沙子(減少 20%)和糖果的數量(減少 10%)。
特殊招式「遷怒」也將會被獨家特殊招式「報恩」所取代，而圍繞在寶可夢周圍的光環也會由黑暗轉變為明亮地發光的光環。
