遊戲一開始就是替主角和勁敵取名字，下樓後跟媽媽對話後遊戲正式開始。
雙葉鎮
起始的城鎮，下面的路人會說科學的力量真偉大。
離開城鎮後可以在湖邊看到遺落的公事包，打開可以選擇從小火焰猴、波加曼跟草苗龜選一隻當初始夥伴。
練習對戰。
沒有被選的另一個主人公會成為山梨博士的助手。
博士會說看玩家跟寶可夢感情很好，就把寶可夢給你。
真砂鎮
前往山梨博士研究所所在的真砂鎮，博士會問說是否願意幫忙完成寶可夢圖鑑，這裡有寶可夢中心可以回復寶可夢的狀態。
跟博士講完後再回到雙葉鎮，媽媽會給你包裹跟帽子，之後就可以正式踏上旅程。
